С открытием МЦД обостряется проблема городских границ: для соблюдения интервала движения поездов предполагается закрыть все наземные переходы («настилы»). Где-то совсем, где-то с заменой на надземные или подземные переходы с лестницами. Это создаст большие неудобства для маломобильных горожан и велосипедистов, у пешеходов значительно вырастет время в пути и снизится комфорт. Связность районов, через которые проходят линии МЦД будет нарушена, что негативно скажется на жизни местного сообщества, от рядовых граждан до представителей бизнеса.

Изменения затронут большое количество жителей Москвы и Подмосковья, которые регулярно передвигаются по городу, пересекая пути диаметров. Железнодорожные пути могут быть по дороге от дома к метро, соседнему парку, поликлинике и т.д.

Все надземные переходы через пути МЦД обещают обустроить лифтами. Однако опыт других транспортных проектов, реализованных в Москве и в мире, показывает, что лифты на переходах часто ломаются, а в случае больших потоков людей, у них постоянно возникает очередь.

Кроме того, необходимость постоянно спешиваться демотивирует людей совершать регулярные поездки на велосипеде. Чтобы мотивировать горожан чаще использовать велотранспорт в Копенгагене фазы светофоров на основных велодорожках настраивают таким образом, чтобы не приходилось спешиваться даже на перекрёстках.

Появление нового транспортного проекта не должно ухудшать межрайонные связи и усложнять жизнь для тех москвичей, кто передвигается по городу пешком или на велосипедах. Чтобы город не превратился во множество «островов», необходимо обустроить удобные «проколы» либо велопешеходные мосты с пологими спусками. Прежде всего это касается наиболее востребованных пешеходных и велосипедных маршрутов.

На официальных информационных ресурсах МЦД часто приводится успешный опыт подобных зарубежных проектов: S-Bahn в Берлине, RER в Париже, Overground в Лондоне. Однако во всех этих городах пересечения маршрутов пешеходов и велосипедистов с ж/д путями обустроены в разных уровнях и не требуют подъёма и спуска по лестницам. Велосипедисты могут преодолеть их, не спешиваясь. Маломобильные граждане, люди с тяжелыми грузами, с детьми и так далее не испытывают там никаких затруднений.

В Нидерландах удобные разноуровневые пересечения организованы не только в местах пересечения с железной дорогой, но и на перекрёстках с оживлёнными автомобильными дорогами.